Antes do início da Copa Libertadores da América de 2011, o Santos era apontado como um dos favoritos. E seu grupo não era considerado difícil: os adversários sorteados foram o Deportivo Táchira (Venezuela), Cerro Porteño (Paraguai) e Colo Colo (Chile) [20]. Ao fim dos três primeiros jogos, contudo, a situação do clube praiano era dramática: apenas dois empates (0-0 com o Táchira e 1-1 com o Cerro) e derrota para o Colo Colo (2-3). Com esses resultados a única chance do Santos se classificar era vencer as três partidas restantes, senão não passaria da Primeira Fase. A primeira dessas três partidas decisivas foi contra o Colo Colo na Vila Belmiro. O Santos vencia tranquilo por 3-0 (Elano, Danilo e Neymar) mas ao comemorar o seu gol usando uma máscara, Neymar foi expulso. Zé Eduardo e Elano (que estava no banco, já substituído) também e o adversário chileno aproveitou para reagir, marcando dois gols. Apesar dos dois jogadores a menos o Santos conseguiu a primeira vitória (3-2). O jogo seguinte seria em Assunção, contra o Cerro Porteño. Mesmo sem os três titulares, o Santos trazia como trunfo a estréia de Paulo Henrique Ganso na Copa Libertadores e do técnico Muricy Ramalho, que assumira o cargo de treinador após deixar o Fluminense, time que dirigira nas primeiras rodadas da competição. E o Santos de Muricy conseguiu aquilo que muitos julgavam improvável: venceu por 2-1, com gols de Danilo e Maikon Leite. Essa vitória deu confiança ao grupo, que se classificou com uma vitória de 3-1 sobre o Deportivo Táchira no estádio do Pacaembu. Na sequência, pelas Oitavas de Final, o Santos enfrentou o América do México. O time praiano estava cansado com sucessivos jogos decisivos, inclusive na fase final do Campeonato Paulista. O técnico Muricy Ramalho manteve o time titular em ambas as competições, e com isso o Santos foi o campeão do campeonato paulista e mesmo com o cansaço, se classificou para as Quartas de Final na Libertadores após vitória por 1-0 no Brasil e empate de 0-0 no México contra o América (com grande atuação do goleiro santista Rafael), depois de uma desgastante viagem. O adversário da próxima fase seria o Once Caldas, que eliminara o Cruzeiro, o melhor time da primeira fase (nessa mesma rodada, chamada de "quarta-feira do terror", além do Cruzeiro, todos os outros times brasileiros também foram eliminados: Grêmio, Internacional e Fluminense). O Santos era o único time brasileiro a continuar na competição e garantiu nova classificação com outra vitória fora de casa, 1-0, e um empate no Pacaembu (1-1). Já na Semi-Final, o adversário seria novamente o Cerro Porteño, que foi um dos competidores do Santos na Fase de grupos. O Santos acreditava na classificação e conseguiu após vitória de 1-0 e empate sofrido de 3-3 em Assunção. Final da Copa Libertadores da América de 2011 entre Santos e Peñarol no Estádio do PacaembuAssim, o Santos chegou a quarta final da competição em sua história (a última vez havia ficado com o vice-campeonato em 2003). O adversário era o tradicional Peñarol do Uruguai, pentacampeão da competição, que havia derrotado o argentino Vélez Sarsfield. Com isso, foi repetido o confronto de ambos na primeira conquista da Libertadores pelo Santos, que derrotou os uruguaios na final de 1962. Sob a pressão de mais de 60.000 torcedores no estádio Centenário, campo do adversário, o Santos segurou um empate de 0-0. Na finalíssima, em 22 de junho de 2011, deu quase tudo certo para o Santos. Após empatar em 0-0 no primeiro tempo, Neymar começou a vitória santista, ao receber passe preciso de Arouca, e assim, marcando no primeiro minuto do segundo tempo. Danilo, em bela jogada individual, marcou o segundo e praticamente selou a conquista. No final da partida, o zagueiro Durval marcaria contra, mas era tarde para o Peñarol conseguir um eventual empate. A partida terminou em 2-1 e o Santos se sagrou pela terceira vez campeão da Copa Libertadores da América, após 48 anos do último título conquistado pelo clube (1963). Com esse resultado, o Santos se igualou ao São Paulo como o clube brasileiro com mais títulos da competição sul-americana. Muricy Ramalho conseguiu o primeiro título da Libertadores, após tê-lo perdido por três oportunidades nos anos anteriores, acabando assim com sua fama de vencer somente em campeonatos por pontos corridos